醫學上認為肛瘺主要病因是由于肛腺感染所導致的，所謂肛腺是肛門和直腸交界部位的一個特殊組織結構。舉個例子，皮膚上有汗腺，汗腺感染會形成老百姓所說的癤子，當肛腺感染以后，就會形成肛腸科常見的肛瘺及肛周膿腫。當肛周膿腫向周圍擴散，從肛門周圍破潰、流膿就形成了肛瘺。肛瘺的發病原因是由于肛腺感染所導致的。能夠誘發肛腺感染的因素往往包括，比如長期過度食用辛辣食物、腹瀉、大便次數增多，或者大便干燥，這些不良生活習慣或者其它疾病都可以引發肛瘺的發生，這是平常生活中需要注意的。如果發現患有肛瘺，首先需要到正規醫院就醫，通過正規的治療可以達到很好的治愈效果。肛瘺一般需要通過手術來治療，藥物治療可以起到緩解作用，但是最終大部分肛瘺是需要通過手術來治療的。