其實大多數肛瘺都有起始病因，即患者之前有過肛周膿腫，因為肛瘺是肛周膿腫的繼發疾病。肛周膿腫是急性肛周炎癥，肛瘺是一種慢性炎癥。肛管有一個解剖分界線，即齒狀線，在齒狀線當中有個解剖結構叫肛隱窩，肛門有部分腺體叫肛隱窩腺。肛隱窩腺在肛門內、外括約肌之間，肛隱窩腺的開口是肛隱窩。因此，有時排便或稀便等各種偶然因素，可使細菌或糞便入侵到肛隱窩腺造成感染，此時在肛門內、外括約肌間形成感染灶。而感染灶炎癥發作后向周圍的間隙擴散，進而形成肛周膿腫。肛周膿腫通常會切開引流或進行一期內痔治療。若肛周膿腫沒有治愈就會形成肛瘺，肛瘺就是肛門外面有一個瘺口，肛門里有個瘺口，兩個瘺口之間有瘺管連接。肛瘺的內口，就是之前感染的肛隱窩腺在肛管里的開口位置。因此，無論是肛瘺還是肛周膿腫，治愈就是必須要找到內口。