所有的先天性心臟病都是由于受精卵發育成胎兒的心臟發育過程中出現異常，而導致復雜先天性心臟病出現，比如先天性心內膜墊缺損。心房和心室之間有個心內膜墊隔開，隔成4個腔，由于心室融合成心內膜墊的過程中出現障礙，而造成心內膜墊的缺損。先天性心內膜墊缺損包括完全心內膜墊缺損和部分缺損，會造成一系列的畸形的發生，包括室間隔缺損、瓣膜的異常等。因此，復雜先天性心臟病也是胎兒發育過程中的畸形，常常都需要外科手術來進行校正這種畸形。