復雜性尿路感染是相對于單純性尿路感染而言，是指除尿路感染癥狀外，因解剖結構異常導致尿液引流不暢，引起反復感染反復發作而造成的尿路感染。如腎囊腫，泌尿系結石，輸尿管狹窄等均屬生理解剖結構異常。尿路感染95%以上是由單一細菌引起的，其中90%的門診病人和50%左右的住院病人，其病原菌是大腸埃希桿菌。多種細菌感染見于留置導尿管、神經源性膀胱、結石、先天性畸形和陰道、腸道、尿道瘺等。