復雜性肛瘺的治療，在有條件的情況下，建議盡早手術治療。但手術又涉及到對專科醫生技術的考驗，無論是復雜還是高位肛瘺的手術，首先強調保護肛門功能。國外學者甚至提出太高位的肛瘺，如果醫生沒有絕對的把握徹底根治，會建議患者帶瘺生存。因為這是良性疾病，治病的前提要保護的肛門功能，這是保證生活質量的最基本要求。所以在肛腸專科手術治療時，如高位肛瘺要用中醫掛線，有上千年歷史，是中醫特色技術。肛瘺掛線術既可以切除肛瘺，又能達到保護肛門的效果。