尿路感染最常見的致病菌是革蘭氏陰性桿菌。尿路感染發生最主要因素，一方面是局部和全身抵抗力降低，還有一方面就是致病的病原菌感染。在臨床工作中通過中段尿培養，可以判斷導致患者尿路感染的病原菌，發現最常見的仍然是革蘭氏陰性桿菌，而且很多都是從腸道、消化道來的革蘭氏陰性桿菌，比如大腸桿菌、大腸埃希菌、糞球菌等，這些病原菌是最常見的導致尿路感染的致病菌。但是與此同時，隨著目前抗生素應用得越來越廣泛，臨床發現既往的一些可能與呼吸道感染有關，甚至與皮膚感染有關的致病菌，也會導致尿路感染，比如金黃色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌等。還有一部分患者因為其他感染，長期應用不同的抗生素，長期應用抗生素以后，就導致身體出現菌群失調，這類患者通常在金黃色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌兩類細菌導致尿路感染的基礎之上，還會合并真菌感染。這個時候需要根據患者的病史、中段尿培養結果，明確是否存在真菌感染、是哪種類型的真菌感染。可能在治療時，也要考慮進行聯合治療，這樣才能徹底把復雜性的尿路感染控制好。