肛瘺手術不是僅處理壞死組織，手術需要清除部分陳舊的感染組織，清除可稱為刮除，不僅處理陳舊的炎性組織。肛瘺有2個口，即內口和外口，內口和外口之間是瘺管。肛瘺手術主要目的是找到內口后將瘺管打開，讓瘺管組織從底部向外生長，將瘺管完全封閉，此為肛瘺手術關鍵的步驟。將壞死組織切除僅為肛瘺手術中的次要手術步驟，部分肛瘺沒有壞死組織，僅有炎性組織，把瘺管開放后不切除炎性組織，也能達到治愈目的。目前主流的2種手術中，其中一種為將瘺管切除，比如將肛瘺炎性組織完全切除。另一種是不切除肛瘺炎性組織，僅完全開放瘺管，以上2種手術的手術效果和術后復發率差異較小。