無論是宮頸癌疫苗，還是其他疫苗，對機體都有一定的副作用，但是已經通過審查的疫苗，對機體的副作用微乎其微，發生的比例也非常低，總體而言，這些副作用可以忽略不計。絕大多數注射宮頸癌疫苗的女性，副作用表現為當時注射局部可能有紅腫或者硬結的情況。極少數人注射以后，有類似病毒感染的情況，比如乏力或者食欲減退等，這些副作用會在很短的時間內消失。但由于宮頸癌疫苗對于宮頸癌的預防有一定局限性，同時注射要求也有一定局限性，需要選擇適應的年齡和不同價數，宮頸癌疫苗對于宮頸癌的預防，并不是百分之百。所以，注射完宮頸癌疫苗的人也不能掉以輕心，需要定期進行宮頸癌篩查，避免因注射宮頸癌疫苗以后不做篩查，而出現宮頸病變的可能性。