通常Y染色體異常無法進行治療，屬于先天性疾病，Y染色體微缺失可能會影響男性生育能力。臨床常見Y染色體A區、B區、C區缺失，會影響睪丸神經功能，導致無精子癥或者重度少精子癥，進而影響男性正常生育功能，但對于男性其他部位健康、性功能不會造成影響。對于有生育要求患者，需要通過試管嬰兒或者其他輔助生殖方式獲得后代。如果患者存在Y染色體微缺失導致無精子癥，此時需要通過手術方式尋找精子，再進行試管嬰兒。如果發生Y染色體A區、B區缺失，則找到精子概率較低，不建議進行手術，此時可以通過精子庫供精獲得后代。如果為Y染色體C區缺失，可以通過睪丸顯微取精方式尋找精子。通常Y染色體微缺失，不建議使用藥物治療，因藥物治療無效，無法通過藥物改變染色體缺失情況，同時也無法改善睪丸神經功能。