超聲內鏡的原理是，當超聲探頭的聲波產生回波并反彈到探頭的時候，計算機將回波轉化為腹部結構的圖像，顯示出腫瘤的精確部位，有助于確定腫瘤在胃壁內或者胃腸道其他部位的深度。根據《中國消化道黏膜下腫瘤內鏡診治專家共識》，胃腸道間質瘤在超聲內鏡下的特點，典型表現為球狀或者梭形隆起，少數表現為半環形隆起。大多數瘤體表面黏膜光滑，部分瘤體可出現頂端出血糜爛，表面不平整或者凹陷型潰瘍。如果說是早期非常小的胃腸道間質瘤，它往往呈現均一的低回聲結構，邊界清楚。隨著腫瘤進一步增大，有可能表現為邊界不清楚，內部回聲不均勻。也有研究顯示，如果超聲內鏡出現腫塊邊界不清晰、囊性改變、潰瘍形成，出現焦點回聲或者內部異質化的表現，則考慮腫瘤有惡變的可能，應該盡快切除。