高位復雜性肛瘺術后復發率較高，早期掛線手術復發率約為20%-40%，國外切除瘺管保留括約肌術復發率約為20%。目前臨床傾向于將瘺管全部切除，用亞甲藍進行染色，保留重要括約肌，手術復發率較低，約為1%-2%。臨床認為高位復雜性肛瘺是難治性疾病，術后復發率較高，可能沿著肛門呈馬蹄形，術前較難以明確其具體分支，手術過程中要用亞甲藍進行染色。臨床常見高位復雜性肛瘺主要包括外口、內口，甚至可達到骨盆直腸窩。