做肛瘺手術并沒有痛苦，因為手術期間需要做麻醉，所以不會感覺到比較嚴重的疼痛，手術半小時左右即可完成。肛周膿腫破潰后，可能會在肛門處出現小瘺口，此時可能產生肛瘺。肛瘺需要手術治療，因為肛瘺不止有外口，可能在肛門內也有破潰的內口，經常有大便殘渣進入，可能再次發生肛周膿腫。所以要進行手術切除整個肛瘺，包括內口和外口。由于肛瘺手術后肛門不可能一期縫合，所以手術傷口可能會敞開，需要靠肉芽組織從瘺口切口底部逐漸生長到皮膚，慢慢愈合。如果縫合可能外面皮膚長好，但里面又形成新瘺口，術后傷口愈合的時間可能較長，需要15-30天的時間。但是這段時間也不會有明顯痛苦，只是生活上不太方便，需要經常換藥、清洗。