寶寶指甲扁平的原因有以下幾點：1、正常現象：可能與遺傳有關，有些寶寶家長的手指相對扁平，寶寶的指甲也可能出現扁平的狀態，沒有疾病的問題，只是發育的正常情況；2、不良習慣導致：如有些寶寶喜歡咬手指或者啃手指，都可能造成指甲損傷，出現指甲扁平的現象；3、營養元素缺乏：有些寶寶缺鐵、缺鋅、缺鈣，均可能會影響到指甲的發育狀態，造成寶寶指甲扁平。有些寶寶營養不良，全身蛋白質缺乏或者維生素缺乏，也會影響寶寶正常的指甲發育狀態，出現扁平；4、全身性疾病：如有些寶寶患有心臟疾病，由于長時間缺氧，可能會造成寶寶指甲扁平。寶寶出現指甲扁平要綜合判斷，不要單一通過指甲扁平就診斷某些疾病，一定是結合全身的表現，有些是正常的機體狀態，也有些是疾病問題造成。