原發性肝癌甲胎蛋白不一定都會升高，肝細胞性肝癌可分泌甲胎球蛋白，所以甲胎球蛋白可以升高。但多數膽管細胞癌甲胎球蛋白可以不升高，只有少部分膽管細胞癌甲胎球蛋白可能會升高，不能根據甲胎球蛋白高低斷定是否患原發性肝癌，也不能根據其高低判斷腫瘤活性。 甲胎蛋白只能作為肝癌普查指標，如果甲胎球蛋白持續升高超過300ng/mL，且連續1-2個月以上，應高度懷疑患肝癌的可能。如果甲胎球蛋白不升高，但其它指標有異常，也要引起重視。