婚檢陰莖短小的標準，通常是指陰莖的外觀正常，但長度小于正常陰莖平均長度2.5個標準差以上。陰莖的長度，各種族、各年齡，以及各國差異都非常大。以我國成年男性來說，陰莖在靜息狀態下平均長度是5-6cm，勃起以后的長度是11-13cm。如果陰莖在靜息狀態下長度＜4cm，牽拉長度＜7cm，或者是有效勃起長度＜9.5cm，而外觀正常，及長度和直徑比例基本正常，通常這種狀態下認為是陰莖短小。但是臨床上，很多自認為陰莖短小的人，其實是測量的方法不準確。正常的測量方法應該是用直尺緊緊抵住恥骨聯合，然后盡量將陰莖拉直，測量從恥骨聯合到陰莖前端的全部長度，這叫做陰莖的牽拉長度。如果有比較肥胖的患者，或者是有蹼狀陰莖、隱匿陰莖，應該盡量推開脂肪和多余組織，才能測量到陰莖的真實長度。