在臨床上往往將枯草桿菌這類的腸道益生菌制劑，用于腹瀉或腹脹這些消化不良相關癥狀的緩解，便秘患者服用腸道益生菌后也可以改善腸道內的環境，也可以使正常菌群的生長獲得一定的福祉。枯草桿菌是常應用于臨床的一種腸道益生菌，其作用機制主要是通過在腸道內形成可以促進正常腸道菌群生長的環境。從而達到促進腸道正常細菌生長、平衡腸道內環境，從而改善腸道功能的作用。因此這些正常的腸道菌群可能會產生類似于丁酸等這些短鏈的脂肪酸，從而達到一定的刺激腸蠕動、促進排便的作用，但這種腸道益生菌往往在治療便秘的過程中是作為一種輔助藥物。往往還需要共同使用一些促動力藥物或增加大便水分含量的藥物，比如乳果糖、聚乙二醇等，聯合應用可能效果比單藥應用更好些。