膽總管囊腫術后基本上和正常人一樣生存，沒有大的影響。影響的差別，一般沒有，有一些特殊囊腫比如整個膽道，不光肝外膽管，肝內膽管也有畸形，或膽管和胰腺胰管混合地方，或者手術操作時，摻著膽管在胰腺里，這些情況易發膽管癌，但發病率較低，有一定發病比例。如果存在膽管癌，就會影響壽命。研究表明，膽囊腫術后大部分患兒營養發育和正常人沒有差異。如果有差異就是膽管發作，即胰液對膽管的刺激，或膽管殘留對壽命有影響。