做任何手術都存在風險，隨著科技發展風險逐漸降低，先天性膽總管囊腫近年來有明顯降低，大概是2%-4%，上個世紀60年代達到40%左右。膽管囊腫手術是小兒肝膽外科的常規手術，目前手術比較成型、應用比較廣泛，不存在很多危險，早期發現、早期診斷、早期治療，手術的風險是降低的。如果出現膽道穿孔或者膽汁淤積、膽道梗阻，手術風險會成倍增加，因為身體的耐受性逐步減低。 膽總管囊腫術后的手術方式選擇，現在成型的是腹腔鏡膽總管囊腫切除膽道重建手術。如果出現膽總管囊腫穿孔，或者腹膜炎比較嚴重，膽總管囊腫擴張比較厲害、比較大，一般先做外引流術，分2期做手術，外引流膽總管的地方置管引流，2-3個月之后做第二次手術，可以減少手術的風險，預后會更加好。