胃腸道間質瘤的危險性可以通過危險度分級來劃分，可以分為極低危、低危、中危和高危4個等級，風險度越高復發風險越大，治療效果越差。危險度分級與腫瘤大小、核分裂象、腫瘤的部位有關，還與腫瘤的破裂因素有關。極低危是指直徑<2cm、核分裂象<5的腫瘤，如果沒有高危因素，不需要手術處理，臨床觀察即可。低危是指腫瘤大小2-5cm，核分裂象<5，需要外科手術處理，術后無需要做輔助治療。中危是指非胃來源，腫瘤大小是在≤2cm，核分裂象>5，或胃來源的腫瘤大小是2-5cm，核分裂象>5。高危的患者是腫瘤大小>10cm，任何大小的腫瘤，只要核分裂象>10就屬于高危。如果是腫瘤有破裂，也屬于高危，如果腫瘤是>5cm，核分裂象>5，也屬于高危。對于高危的患者，術后容易復發，術后一定要給予伊馬替尼的輔助治療，目前認為至少要3年。