肺部真菌感染比細菌感染難治，但真菌較少引起肺部感染，一般免疫力正常患者不易出現真菌感染，自身免疫力低下時才易患肺部真菌感染。肺部真菌感染和細菌感染療程相比較長，而且藥物選擇有一定區別，相對而言比較難治。 對結構性肺病，若自身肺部結構破壞，在免疫力低下情況容易發生真菌寄生、定植。治療結束基礎疾病控制較差，抵抗力低下時容易反復，所以真菌感染療程相對較長、治療比較困難。在機體免疫受損情況合并真菌感染，需要用抗真菌藥物來進行治療，此時比細菌感染難治。