鼻咽癌的發病原因至今并不明確，目前主要認為是一種多基因遺傳病，主要是多個基因間或基因與環境間相互作用的結果。目前比較明確的因素，主要有EB病毒感染、化學致癌物質、環境因素、遺傳因素等。 目前在鼻咽癌患者的活檢瘤細胞中已經查出鼻咽癌病毒和病毒抗原，且在鼻咽癌患者的血清當中已經明確有鼻咽癌病毒抗體效價的升高，其升高水平與疾病的轉化有正相關作用，所以認為EB病毒感染與鼻咽癌發病關系密切。其次是化學致癌物質，亞硝酸鹽可以刺激小鼠鼻咽癌，鼻咽黏膜過度增生，誘發原位癌或浸潤癌，且子代中有27%可以罹患鼻咽癌，所以亞硝酸鹽及其化合物與鼻咽癌發病關系密切。