最多見也比較有特征性的，可能就是肺孢子菌肺炎，以前也稱做耶氏肺囊蟲肺炎。當然也可以感染其他的病原微生物，例如普通細菌感染，還有病毒感染，包括CMV即巨細胞病毒、EB病毒，還有結核分枝桿菌、非結核分枝桿菌、流感病毒等。因為艾滋病是一種獲得性免疫缺陷，是免疫功能降低情況，所以各種各樣微生物都可能出現，最特征性的可能還是肺孢子菌肺炎。一般的患者多數都是由進行性的氣短、呼吸困難。還有伴有乏力等比較明顯的表現。肺部影像學不明顯時，可能早期會出現明顯的低氧血癥特點。所以如果艾滋病病人，一旦出現進行性的呼吸困難，血氧也比較低，要考慮有沒有肺孢子菌肺炎的情況發生。