如果房間隔缺損＞5mm，屬于比較嚴重的疾病，需要通過開胸手術的治療甚至介入手術的治療方法，使房間隔缺損閉合，即可使患者盡快恢復到健康的狀態。術后注意定期復查，這樣才能使患者盡最大可能延長壽命，房間隔缺損一般可大可小，多數很小的房間隔缺損，對于患者不會有明顯的臨床表現。 房間隔缺損導致心臟的改變，比如導致右心室或者右心房的擴大有意義。從大小而言，比如大于0.5cm的房間隔缺損，認為是有臨床意義的房間隔缺損。除此之外，如果房間隔缺損已經引起反常栓塞的這種表現，稱為矛盾栓塞。一些來源于比如下肢靜脈系統的血栓，可以通過房間隔缺損部位達到腦，可以達到視網膜、動脈等部位，這種房間隔缺損認為是有治療意義的房間隔缺損。