慢性再生障礙性貧血在新分類標準中已經歸為輕型再生障礙性貧血，治愈幾率大概是2/3，并不是很高，并且該病治療是一個慢性過程，治療相對比較緩慢。慢性再生障礙性貧血治療主要是綜合治療，因為發生機制包括很多因素，比如干細胞和干細胞異常、免疫網絡出現問題、免疫功能異常、骨髓微循環出現問題等。 治療時通常是根據上述情況的發病機制進行免疫治療，可以采用環孢素進行治療，還有刺激干細胞，如使用雄性激素、司坦唑醇等治療，還有改善微循環治療，同時可以用中藥進行治療。建議在慢性再生障礙性貧血出現時，找到發病原因，比如農藥，苯、甲醛，此時也必須脫離異常環境，或者去除危險因素，如此才能達到理想效果。