目前無充分證據證明服用益生菌可治療口腔潰瘍，所以在不明確的情況下，不建議盲目服用益生菌來治療口腔潰瘍。 口腔或腸道內存在很多細菌，這些細菌中存在有害細菌，也存在有益細菌。有益菌和有害菌處于平衡狀態，和平共處，即為共存狀態。近年研究發現，益生菌對很多疾病有一定作用，如潰瘍性結腸炎，其致病原因尚不明確。但若將正常人的腸道菌群移植過去，會得到較好治療效果。 口腔潰瘍并不是由細菌或微生物感染造成的疾病，其病因非常復雜。益生菌可能可以改變口腔環境，服用益生菌后，可改變腸道的菌群環境。