通常自身免疫性肝病患者在就診時，需要檢測血常規、C-反應蛋白、血沉、肝功能、凝血功能，以及自身免疫性肝病相關的自身抗體，比如免疫球蛋白IgG、IgM、 IgA。另外，患者還需進行肝臟彩超檢查、肝纖維化無創診斷等。部分患者可能需要進行肝穿刺活檢和病理組織學檢查，以幫助明確診斷。對于懷疑原發性硬化性膽管炎的患者，還需進行膽道造影檢查，比如磁共振胰膽道造影，也稱為MRCP，以及經內鏡逆行胰膽管造影，也稱為ERCP等，以明確診斷。