大腸埃希氏菌是泌尿系統感染的主要致病菌，在尿液中可分離出大腸埃希氏菌，通常會選用敏感抗生素進行治療，常用抗生素為頭孢三代抗菌素，常用藥物有頭孢曲松，頭孢哌酮、頭孢唑肟等。但大腸埃希氏菌會發生變異，部分會產生β-內酰胺酶，導致多種頭孢菌素類藥物耐藥。對于變異大腸埃希氏菌，可選擇其他藥物進行治療，如碳青霉烯類藥物，比如亞胺培南、美羅培南，還可選用氨基糖苷類藥物，比如慶大霉素等，還有較新型的氨基糖苷類藥物，如依替米星。若需使用頭孢菌素類藥物，還應同時加用β-內酰胺酶抑制劑，如棒酸、他唑巴坦以及舒巴坦。