大腸埃希菌尿路感染的首選藥推薦三代的頭孢或磷霉素口服，過去比較常用的左氧氟沙星，在很多地區都出現了比較嚴重的耐藥，因此現在應用并不廣泛。如果是初始出現泌尿系感染的患者，所在地區相應耐藥率較低，也可以應用左氧氟沙星。頭孢菌素常用的是三代頭孢，比如頭孢地尼類藥物。口服的磷霉素常用的制劑為磷霉素氨丁三醇散，還有過去比較常用的左氧氟沙星，都可以用于大腸埃希菌的首選治療或經驗用藥方面。部分患者可能治療效果并不好，出現細菌耐藥的情況，如果有耐藥情況要及時做尿培養檢查，再依據尿培養結果選擇合適的敏感抗生素進行治療。