十二指腸間質瘤的治療方法，是首選藥物治療，還是首選手術治療，手術如何進行，需要根據具體情況而定。若已經確診為十二指腸間質瘤，相對較有針對性，效果較好的特異性藥物，以甲磺酸伊馬替尼為代表。確診后可以采取藥物治療，縮小腫瘤。若未確定是十二指腸間質瘤，但是是腫瘤就可以采取手術方法。根據間質瘤長在十二指腸的部位不同，手術方式有所不同，可能相對較小，亦可進行腹部手術，最大手術之一為胰十二指腸手術。十二指腸是較重要結構，因為胃液、膽汁、膽管，以及胰腺的胰管、胰液，均會通十二指腸，所以是三江交匯部位。若間質瘤長在交匯口部位，手術會較復雜，需要完整將間質瘤切除，則需要切除部分十二指腸、胰腺、膽管，再進行重建。若長在離十二指腸乳頭開口部位較遠部位，手術可能只需要將腫瘤，這一小段腸管切除即可。