目前胃腸間質瘤的治療分幾種，通過術前檢查，包括影像學、磁共振檢查，如果腫瘤能夠完整切除的，可以考慮手術治療完整切除，如果不能完整切除的，腫瘤比較大的，可以考慮術前先給予藥物治療。藥物治療后讓腫瘤體積變小，增加腫瘤完整切除的機會。如果通過治療后，腫瘤還在繼續進展，可能需要進一步用其它藥物治療，目前藥物治療，一線藥物叫做格列衛，國產的即甲磺酸伊馬替尼，現在還有一些二線治療藥物，包括舒尼替尼（索坦），三線瑞格菲尼的藥物治療，目的是通過藥物治療控制腫瘤進展，當然胃腸間質瘤主要的治療手段還是手術為主。