直腸鏡檢查和常規結腸鏡檢查都是經肛門進，但直腸鏡較短、較粗、較硬，可以擴肛后進行直腸治療。直腸鏡較短，無法看到整個結腸，包括乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸。直腸鏡經過肛門指診潤滑后進入肛門，檢查前需要灌腸，防止有糞便殘留。直腸鏡檢查時一般不需要麻醉，沒有較多痛、脹不適感。直腸鏡下通過擴肛，可以將內痔、外痔、直腸病變、肛瘺、直腸內開口、直腸陰道漏等直腸病變進行全面觀察。直腸鏡檢查多數在外科進行，但隨著結腸鏡普及，直腸有局限性，多數已經被結腸鏡取代，因電子結腸鏡的柔韌度和視角也能達到治療需求。