直腸鏡目前已經很少做，主要是從肛門進去檢查直腸，一般都是結腸鏡。結腸鏡即大腸鏡，將直腸包含在內，因為直腸很短，就10-15cm。通過肛門進去第一段是直腸，過了直腸會有乙狀結腸、降結腸，還有橫結腸、升結腸、盲腸，甚至小腸末端。目前結腸鏡技術普及，以及醫生水平提高，絕大多數的結腸鏡檢查、腸鏡檢查都能檢查到小腸末段。對于直腸，若只檢查這一段，沒有太大必要，通常會將整個腸道都都檢查。如便血，直腸如果有便血，懷疑直腸腫瘤，檢查時由于不能保證離直腸很近的乙狀結腸不會有問題，一般都會檢查到盡頭。直腸鏡可能是指肛腸科使用的肛腸鏡，與消化科用的大腸鏡不一樣，是經過肛門在直視下大概觀察直腸，與電子腸鏡不完全一樣。主要用來檢查肛門附近區域有沒有痔瘡，對于檢查息肉這類病變沒有太大幫助。目前用得相對較少，只在肛腸科的初步檢查使用。