直腸鏡檢查會引起不適，主要表現為脹痛，絕大多數人可以耐受，因此無需因為懼怕腸鏡檢查而延誤診斷和治療。腸鏡為結直腸癌檢查的重要檢查，尤其在早期階段，其它檢查無法發現結直腸癌，但是腸鏡可以發現。 腸鏡是一個纖維軟管，前面帶有鏡頭，通過肛門送到腸腔，邊打氣邊進鏡，撐起腸腔后才有觀察空間，然后將整個結腸觀察一圈。打氣過程中會引起腸腔擴張，部分人會有脹痛、不適，但多數人可以耐受。而做腸鏡過程中通過深呼吸、改變體位配合醫生檢查可進一步減輕疼痛。 有經驗的醫生幾分鐘即可完成腸鏡檢查，并且在退鏡過程中會吸收殘留氣體，脹痛會很快消失。如果腸腔依然殘留少量氣體，通過活動、按揉腹部將氣體排出，脹痛也會明顯減輕、消失。