直腸鏡檢查目前在臨床上應用較少，直腸鏡較短，可以觀察直腸附近的病變，即直腸內病變。在檢查時會讓患者排空大便，無需進行結腸鏡的清腸準備，醫生會讓患者采取左側臥位或膀胱截石位，醫生手持鏡端進入直腸進行觀察。直腸鏡屬于硬鏡，先到達遠端，之后再緩慢退鏡進行觀察。在觀察過程中，如果發現病變，可以直接進行處置。如果發現息肉，則可以直接進行切除。如果發現出血，可以進行內鏡下止血，如果發現腫物，還可以進行活體組織檢查。直腸鏡只能檢查直腸部分的病變，包括肛管附近病變，例如痔瘡、肛瘺、肛裂等，均能夠進行觀察。直腸鏡不能觀察乙狀結腸等部位的病變，如果需要進一步觀察上方病變，則需要進行清腸，并且需要使用結腸鏡進行觀察。結腸鏡屬于軟式內鏡，而直腸鏡屬于硬式內鏡。