體外沖擊波碎石對身體危害不大，通常病人在做體外沖擊波碎石時會有輕微皮膚損傷，會出現皮膚紅腫，局部會有破損現象，但對內臟和身體組織器官影響較小。體外沖擊波碎石原理是利用介質改變釋放能量，將較硬的介質打碎。沖擊波碰到組織時，由于組織和水囊密度相似，通常不會釋放較多能量。當在組織中碰到較硬的結石時，會釋放能量將結石打碎。體外沖擊波碎石病人常常會有輕微的肉眼血尿癥狀，這是由于在碎石時會同時引起腎臟、腎盞黏膜損傷，會出現輕微出血癥狀。通常病人在大量飲水或休息后，上述癥狀會明顯好轉。體外沖擊波碎石對身體影響不大，但不建議孕婦進行體外沖擊波碎石，容易對胎兒造成不良影響。