口腔黏膜病種類較多，通常情況從醫生的角度可分為白色病變、紅色病變、皰狀病變等。通過口腔組織病理的檢查，可對口腔黏膜病進行明確診斷，但是只能對此疾病的分類和疾病種類進行明確。根據疾病類型可去思考其病因，比如診斷口腔黏膜的扁平苔蘚，此扁平苔蘚的病因本身并不清楚，所以通過病理的診斷不能明確其病因，只能進行臨床比較明確的疾病診斷，對疾病病因沒有很好的判別。但是一些疾病的病因比較明確，在病理診斷疾病后就可對其進行相應的病因判別，比如有些病毒性或者細菌性疾病，如果鏡下表現為艾滋病口腔黏膜病變，可提示患者去做艾滋病檢查，以進一步明確疾病病因。