慢性疲勞綜合征可以掛針灸科、精神科、中醫科以及神經內科等科室。對于中醫科而言，只要確診為是慢性疲勞綜合征，在中醫科可以通過中醫的辨證施治。除外器質性的臟腑的損害之外，可以通過中醫的中藥內服、外用以及針刺，艾灸等方法進行調理，對于早期慢性疲勞綜合征患者最為適宜。 有一些醫院針灸科和中醫科是分開的，也可以去掛針灸科。對于合并有焦慮、抑郁、心煩、易怒、容易有情緒的波動，甚至狂躁、精神癥狀時，建議患者掛精神科。精神科進行量表的評分，以及量表的檢測之后，確定為合并有抑郁或者合并有焦慮的時候。可以適當的在早期的時候，運用西藥的藥物干預，同時配合中醫針灸，還有艾灸的治療，這樣可能效果會更好。對于一些患者可能會有全身不適，可以建議去內分泌科或者是神經內科，除外因為神經功能紊亂，以及內分泌系統的失調所導致的器質性的疾病。