先天性甲狀腺功能減退癥多見于兒童、嬰幼兒時期發病，主要的原因具體如下：1、母體在懷孕期間患有彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥，應用的抗甲狀腺激素藥物過量，使得嬰兒容易發生先天性甲狀腺功能發育不全；2、母體在懷孕期間患有甲狀腺功能減退癥，沒有經過認真治療，胎兒也可能發生甲狀腺功能減退癥，稱之為先天性甲狀腺功能減退癥；3、母體發生了橋本甲狀腺炎，由于自身免疫疾病具有一定的遺傳度，胎兒也可能發生類似的疾病，導致甲狀腺功能減退癥；4、胎兒時期發生了異位甲狀腺功能發育不良，導致甲狀腺激素沒有作用的場所，而發生甲減；5、新生兒先天性甲狀腺發育不良可以引起先天性甲狀腺功能減低癥。一般對于先天性甲狀腺功能減退癥，目前很容易早期發現，因為一出生就會查足跟血，查甲狀腺激素。如果發現有先天性甲狀腺功能減退癥，可以給予及時的左甲狀腺激素替代治療，避免患兒發生呆小癥。