甲胎蛋白通常是維持在一個較低的水平，只有某些癌癥患者、乙肝病毒感染者、正在活動期的患者、胚胎性的腫瘤患者，或者處于妊娠早期的孕婦等，都可能會出現甲胎蛋白升高。一般癌癥疾病引起的升高，通常是大幅度的升高，并且隨著病情的發展，會持續快速地增高。甲胎蛋白如果在正常范圍內，大多數情況下，提示肝癌或者其他癌癥存在的可能性比較低。但是甲胎蛋白升高，不意味著一定患有癌癥，某些良性病變也可能會引起甲胎蛋白升高。而臨床上甲胎蛋白數值正常一般考慮沒有患病，但并非一定沒有患有癌癥。部分原發性肝癌患者臨床上不引起甲胎蛋白的異常升高，尤其是早期的患者。