皮質醇低的病因比較多樣，皮質醇是腎上腺所分泌的重要糖皮質激素之一，調節人體物質代謝，包括糖、蛋白質、脂肪分解和皮質醇密切相關。腎上腺皮質分泌皮質醇受下丘腦、垂體的支配，通過促腎上腺皮質激素釋放激素和促腎上腺皮質激素，它們之間存在負反饋的關系。如果皮質醇低，醫生首要進行定位診斷，病變到底發生在下丘腦、垂體或腎上腺。如果病變發生在垂體或下丘腦，病因常見的有腫瘤、外傷、手術，甚至長時間使用大劑量的糖皮質激素，都可以抑制腦垂體或下丘腦分泌促腎上腺皮質激素釋放激素或促腎上腺皮質激素，導致皮質醇降低。如果是腎上腺本身出現了疾病，如結核破壞了腎上腺皮質，或者是真菌、病毒感染，甚至某些先天性疾病，如先天性腎上腺皮質增生，可以出現皮質醇分泌減少。另外，有些手術切除了腎上腺皮質，或者是放射性治療損傷了腎上腺皮質，甚至使用某些藥物如甲吡酮或米托坦，都可以造成腎上腺合成分泌皮質醇減少。