消化道腫瘤缺乏特異的標志物，但是部分腫瘤標志物增高與消化道的腫瘤有關，比如常見的癌胚抗原(CEA)，糖抗原系列的CA19-9，都會提示可能存在消化道腫瘤。但是有些消化道的腫瘤，可能不會出現任何腫瘤標記物的增高。肝臟特異性的腫瘤標記物是甲胎蛋白，但是也有部分人群，如孕婦、肝炎患者，也會出現甲胎蛋白的輕度增高。當出現癌胚抗原、糖抗原CA19-9等增高時，要警惕消化道相關的疾病，需要進一步做胃腸鏡等相關檢查。癌胚抗原、CA19-9等腫瘤標記物，對于消化道腫瘤治療后的隨訪，也會發揮一定的作用，如消化道腫瘤的病人，術前癌胚抗原明顯增高，可以通過術后動態觀察癌胚抗原，進一步判斷腫瘤的預后，是否存在復發的可能性。