自身免疫性肝病診斷的金標準是做肝組織穿刺，以及肝臟的病理活檢，在顯微鏡下進行鑒別診斷。自身免疫性肝病屬于慢性肝臟疾病中的大類，具體可以分為自身免疫性肝炎即AIH、原發性膽汁性肝硬化即PBC、原發性硬化性膽管炎即PSC。診斷自身免疫性肝病，需先將引起肝臟疾病的其他因素除外，如乙型肝炎、丙型肝炎、藥物性肝病、遺傳代謝性肝病，以及最常見的酒精性肝病。除外其他因素后，再考慮自身免疫性肝病。部分特異性指標，可提示自身免疫性肝病的存在。常用的化驗項目中有肝臟自身相關抗體，包括抗核抗體、抗線粒體抗體、抗肝腎微粒體抗體、抗平滑肌抗體，這類抗體的陽性均提示自身免疫性疾病的存在。如抗核抗體和抗線粒體抗體的M2分型陽性，高度提示患者是原發性膽汁性肝硬化。如果患者抗核抗體和抗肝腎微粒體抗體陽性，以及抗平滑肌抗體陽性，提示患者是自身免疫性肝炎。