胃鏡在檢查過程中，鏡子會接觸患者的胃液，若存在消化道出血，還可能接觸到患者的血液，故對于消毒不合格的胃鏡，在進行胃鏡檢查時，可以通過體液、血液傳播的疾病存在交叉感染。實際操作過程中，胃鏡中心會嚴格對胃鏡進行清洗消毒。被檢者胃鏡檢查后，對于使用后的胃鏡會立即用濕紗布擦拭外表污物，并反復送水送氣10秒鐘，取下濾鏡，裝好防水蓋，然后進行水洗，多酶清洗，漂洗潤滑，消毒，沖洗，最后再進行儲存。 清洗后的胃鏡干燥后懸掛于專用清潔柜中，滅菌后的附件也會按照無菌的物品存儲要求進行儲存。對于行胃鏡檢查所使用的相關物品，每天診療工作結束后，還會對吸引瓶、吸引管、清洗槽進行清洗，并用有效含氯量500mg/l的消毒劑浸泡30分鐘消毒。進行如此復雜嚴格的消毒處理，做胃鏡時被傳染疾病的可能性很小。