確診手足口病要做咽拭子、肛拭子以及血液等檢查，查腸道病毒和核糖核酸檢測。若陽性可以確診或者做血清腸道病毒檢測，IgM抗體陽性也可以確診，或者在恢復期相應病毒的中和抗體和急性期相比呈四倍以上的升高也可以確診。 手足口病主要發生于五歲以下小孩，特別是三歲及以下小孩常見，全年四季均可發病，但是5-7月份是高峰期，若七天內或者七天左右接觸手足口病患兒，或者間接接觸也可以被傳染。這期間會出現發熱、皮疹，主要表現為手、足、口、臀部出現斑丘疹、皰疹或丘疹，可以做出臨床診斷。 但個別患兒可以沒有發熱，皮疹也不典型，可以出現大腿內側、膝關節、肘關節等處，個別嚴重手足口病毒感染也可以出現大皰疹。