射精后肛門疼痛的原因有慢性前列腺炎和急性前列腺炎等，具體如下：1、慢性前列腺炎：射精后肛門疼痛最常見于慢性前列腺炎。病人發生慢性前列腺炎時，感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，導致黏膜水腫、糜爛，還會引起前列腺腺管發炎，導致腺體發炎，出現前列腺腺體炎性腫大。在前列腺腺體炎性腫大后，由于感染性致病菌波及射精管開口，導致輸精管發炎，引起精液中致病微生物繁殖。在射精后，由于精液射到糜爛的后尿道黏膜，刺激前列腺部尿道黏膜引起疼痛，肛門周圍前列腺部即會陰部出現脹痛、墜脹不適的癥狀；2、急性前列腺炎：射精后肛門疼痛，還見于急性前列腺炎的病人。病人發生急性前列腺炎時，也會引起前列腺炎性腫大，導致會陰部明顯腫脹和疼痛。在射精時，也會出現肛門前、陰囊后、會陰部的疼痛癥狀。出現射精后肛門疼痛癥狀時，應及時到泌尿外科就醫。通過抗生素治療，多數病人的相關癥狀可以明顯緩解。