肛門疼痛的原因主要因肛門的神經非常豐富，感覺敏銳，當受到刺激的時候容易造成疼痛，表現為墜痛、脹痛、燒灼樣痛等。肛門疼痛主要是肛門內及肛門直腸周圍的一種疼痛癥狀，為多種肛門直腸疾病所共有。常見的原因有痔、瘺、裂、血栓性外痔、內痔嵌頓、肛門直腸異物、肛門直腸癌、肛門直腸手術后刺激等這些情況。其疼痛性質和程度，根據各種原因各不相同。