肛門疼痛大多與炎癥性疾病相關，如肛裂、肛瘺、肛周膿腫等。肛周疼痛為較常見的肛周現象，如較常見的肛裂和肛竇炎，由于大便反復刺激易造成直腸、肛管部位皮膚損傷或肛竇損傷。由于大便中存在較多細菌，如果損傷未得到及時積極治療，損傷會長期存在，甚至形成慢性潰瘍，肛裂即可在此基礎上形成。肛裂形成后會出現明顯的疼痛感，大便結束后疼痛仍然存在。肛裂癥狀常為便秘、疼痛，存在惡性循環并反復加重。肛周膿腫分為表淺皮膚膿腫以及較深在的肛瘺，反復發作、經久不愈的肛周膿腫與肛周疼痛常代表出現肛瘺，如果積極將瘺管切開，使新生肉芽組織由內向外生成，肛瘺痊愈后疼痛可徹底消失。