青少年肌陣攣跟其他癲癇一樣，一旦經基因篩查、腦電圖檢查確診，然后根據病人意愿和家屬意愿開始治療。不能因為發作較平緩、較輕就不用藥，病情不會自限。青少年肌陣攣最佳治療時間是發病兩次后評估治療，不能病情嚴重才治療。如發作一次，可以觀察，根據病人實際情況確定是否進一步治療。 青少年肌陣攣常用藥物是丙戊酸，如丙戊酸鈉、丙戊酸鎂，治療效果不錯。部分病人未堅持用藥，中途自行停藥造成病情加重。極個別病人治療效果欠佳，需終身服用丙戊酸。