胃腸道間質瘤晚期腹脹，要考慮胃腸道引起腹脹的原因，如因腫瘤直接壓迫腸道，導致出現腸梗阻，可能會出現腹脹情況，這部分患者除出現腹脹外，有可能還會出現排氣、排便減少甚至于排泄停止。如果是完全性腸梗阻，要及時進行手術干預；如果是不完全性腸梗阻，通過胃腸減壓、靜脈營養，通過內科治療，再爭取機會進行靶向治療，幫助腫瘤縮小，緩解不全性腸梗阻癥狀。 除以上腫瘤直接壓迫引起腸梗阻引起腹脹情況外，部分患者可能出現腹腔廣泛性胃腸道間質瘤轉移，可能并未直接壓迫腸管，但轉移灶較多，可粘附在腸壁或腸系膜上，導致腸蠕動減慢。此種情況處理較為棘手，主要以內科保守性治療為主，包括小腸減壓管、全靜脈營養等治療，為靶向治療創造一定條件。