晚期或者惡性的胃腸道間質瘤患者能活多久，通常存在個體差異，根據診斷時疾病的不同階段，胃腸道間質瘤惡性晚期的5年相對生存率從53%-93%不等。局限性患者，即腫瘤僅限于其發生的器官，5年相對生存率為93%，即93%的患者至少能夠存活5年。如果腫瘤已經長到附近的組織結構，或者擴散到附近的淋巴結，患者的5年相對生存率為81%。如果腫瘤已經擴散到身體的遠處部位，患者的5年相關生存率為53%。總體而言，靶向藥物的出現，極大改善了胃腸道間質瘤的治療現狀，復發轉移或無法手術治療的胃腸道間質瘤患者，中位生存時間已經從1.5年提高到了5年以上，甚至20%的患者可以生存超過10年，這在21世紀以前幾乎是不可想象的事情。因此即使是晚期的患者，也應該以積極心態配合治療，爭取獲得最佳療效。